Abstract:
إن المعلوماتية الحيو ية تعتبر من أهم العلوم الحالية، لما لها من تأثير مباشر في العديد من
العلوم كالطب وعلم الأحياء والعديد من التطبيقات. مقارنة ومحاذاة السلاسل الجينومية
هو المجال الأكثر شيوعا واهتماما لدى المختصين في علم الأحياء أو المعلوماتية الحيو ية، لانه
يعتبر الأساس والمنطلق بالنسبة للفروع الأخرى. السلسلة الجينومية هي عبارة عن تسلسل
للنيكليوتيدات. هذا التسلسل يحدد طر يقة ترابط الأحماض الأمينية من أجل تشكيل البروتين
الذي بدوره يشكل الكائنات الحية. يمكننا تمثيل هذه السلاسل الجينومية بسلاسل نصية
ذات أربعة أحرف. في حالة السلاسل الطو يلة، تفشل الخوارزميات التقليدية في محاذاة هذه
السلاسل في وقت تطبيقي.
إقترحنا مقاربتين مختلفتين لمعالجة تعقيد الوقت لمحاذاة السلاسل الجينومية. هاتان المقاربتان
تبحثان عن الشبه الدقيق بطر يقتين مختلفتين ثم تقوم بدمج مقاطع الشبه الدقيق للحصول على
تنقيط أفضل إن وجد. المقاربة الأولى تعتمد على تحو يل السلسلة الأطول إلى شجرة لواحق
وبوادئ. بينما تعتمد الثانية على إهمال المناطق غير المتشابهة في السلسلتين. وكلتا المقاربتين
لهما تعقيد وقت خطي
