Etude moléculaire et chimiotaxonomique (basée sur le coefficient de Jaccard) de la famille des Pseudonocardiaceae

Abstract

Vingt-neuf actinobactéries de la famille des Pseudonocardiaceae ont fait l'objet d'une comparaison à la fois chiomiotaxonomique, en exploitant les données issues d’une analyse chimique de la composition cellulaire, et moléculaire en appuyant sur des algorithmes de la bioinformatique. L’objectif du présent travail est de dévoiler la liste des espèces qui possèdent les distances évolutives au sein de la famille des Pseudonocardiaceae, et de déterminer le seuil de similarité de ces dernières par rapport à une espèce référentielle Salinifilum ghardaiensis. L'exploitation de la composition en sucres explique pertinemment la présence de quatre groupes de sucres (A, B, C et E). Concernant les acides aminés, il existe une seule espèce (Actinoalloteichus cyanogriseus) qui appartient au type VI. Pour les ménaquinones, le MK-9 (H4) est le plus répondu parmi les autres composants avec un taux d'ordre de 36%. En revanche, le phospholipide dominant est la phosphatidyléthanolamine (22%). L'indice de Jaccard et la classification ascendante hiérarchique révèle que Salinifilum ghardaiensis est très proche de deux espèces : Actinomycetospora chiangmaiensis et Longimycelium tulufanense. **********Twenty-nine actinobacteria from the Pseudonocardiaceae family were compared chiomiotaxonomically, using data from chemical analysis of bacterial cells, and molecular composition focusing on bioinformatics algorithms. The objective of the present work is to unveil the list of species that possess evolutionary distances within the Pseudonocardiaceae family, and to determine the threshold of similarity of these species compared to the reference species Salinifilum ghardaiensis. The use of the sugar composition is a good explanation for the presence of four groups of sugar (A, B, C and E). Concerning amino acids, there is only one species (Actinoalloteichus cyanogriseus) which belongs to type VI. For menaquinone, MK-9 (H4) is the most dominant compared to the other components with a level of 36%, but the dominant phospholipid is phosphatidylethanolamine (22%). The Jaccard index and the ascending hierarchical classification revealed that Salinifilum ghardaiensis is closely related to Actinomycetospora chiangmaiensis and Longimycelium tulufanense.